El programa doctoral considera dos tipos de materias: materias básicas, y materias evaluativas del avance de tesis doctoral que son denominadas: proyectos de investigación.
Las materias básicas tienen como propósito homogeneizar los conocimientos de los estudiantes y prepararlos para el nivel de doctorado. Así, se consideran las tres siguientes materias: Técnicas y herramientas para el tratamiento de la información, Introducción al Diseño de Algoritmos y sus Aplicaciones, y Diseño de Experimentos. El programa de doctorado considera la opción de revalidar algunas de estas tres materias bajo el análisis profundo de la formación académica del estudiante. Este análisis y recomendación se llevará a cabo por un comité doctoral, bajo solicitud explícita del estudiante y/o algún miembro de la planta básica del programa doctoral.
El programa de doctorado considera que el estudiante ingresa con suficiencia investigadora, por lo cual se propone utilizar materias de seguimiento de investigación y evaluación del proyecto de doctorado en tres fases:
Fase 1: Propuesta del proyecto de investigación. El estudiante, durante el primer año, preparará el proyecto doctoral y de común acuerdo con el asesor, presentará ante la academia este proyecto para su aprobación. Se evaluará la pertinencia del proyecto, el nivel, y el impacto.
Fase 2: Presentación de avances de investigación. El estudiante deberá exponer, en cada uno de los proyectos de investigación, evidencia de avance del proyecto doctoral. Se considerarán ciertos productos de calidad como evidencia, por ejemplo, publicación de artículos en revistas indizadas, presentación en conferencias de muy alto nivel y la correspondiente publicación en memoria (se tomará en cuenta los índices de revistas y conferencias reconocidos a nivel mundial), libros publicados, estancias de investigación en instituciones de reconocido prestigio. El programa considera también como evidencia el desarrollo de productos tales como: implementación de sistemas prototipo de impacto en la industria o sociedad y patentes obtenidos a través de modelos desarrollados en el proceso de investigación. A criterio de un comité tutorial, se evaluará cada uno de los productos de calidad que presente el alumno para emitir una calificación del avance.
Fase 3: Coloquio de tesis doctoral. El estudiante presentará el resultado final de su tesis doctoral, incluyendo los experimentos, resultados, conclusiones y productos obtenidos, en cualquiera de los siguientes semestres: sexto, séptimo y octavo. El propósito de esta fase es el de garantizar que el alumno concluya con éxito su proyecto doctoral.
El mapa curricular del programa doctoral considera una estructura de cursos evaluativos durante seis semestres (3 años) y actividades de investigación a realizar en los semestres siete y ocho (1 año). Así, la duración máxima del doctorado es de 4 años, mientras que la mínima será de 3 años. Para los tres primeros años se propone una materia obligatoria por año, denominada proyecto de investigación, para el seguimiento del proyecto doctoral (dando un total de 6 materias). Tal como se comentó anteriormente, el primer semestre requiere cursar tres materias adicionales. De esta manera, el mapa curricular contempla un total de 9 materias evaluativas.